将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！
白石晴香,小林亲弘,伊藤静,永濑安奈,井上穗乃花,山根绮,茅野爱衣,日高里菜,中原麻衣,千本木彩花,富田美忧,福岛润,大塚芳忠,玄田哲章,田村睦心,田村由香里,杉田智和
松尾骏,津田美波
花江夏树,谷山纪章,阿座上洋平,古川慎,小野贤章,柿原彻也,梶裕贵,高桥广树,中井和哉,寿美菜子,松风雅也,土屋神叶
下野纮,伊藤加奈惠,早见沙织,名冢佳织,东山奈央,竹达彩奈,阿澄佳奈,花泽香菜,井口裕香,高垣彩阳,户松遥
